Proces oczyszczania ścieków na złożach biologicznych odbywa się podobnie jak w warunkach naturalnych - w rzekach, gdy zanieczyszczone ścieki docierają do kamienistego dna. Bakterie, które rozwijają się na powierzchni skalistego dna, usuwają zanieczyszczenia i oczyszczają strumień ścieków. Biomasa biorąca udział w procesie rozkładu związków organicznych znajdujących się w ściekach jest biomasą osiadłą na materiale podtrzymującym, w przeciwieństwie do komór osadu czynnego, gdzie dzięki mieszaniu i napowietrzaniu znajduje się w stanie zawieszenia.
Bez względu na typ zastosowanego złoża biologicznego, mechanizm usuwania zanieczyszczeń jest identyczny.
Na powierzchni wypełnienia złoża (tłuczeń, kamienie, kształtki z tworzyw sztucznych)
rozwija się błona biologiczna złożona z mikroorganizmów. Ścieki o ustalonym, kontrolowanym natężeniu przepływu doprowadzane są do złoża i natychmiast następuje kontakt pomiędzy związkami organicznymi zawartymi w ściekach i mikroorganizmami błony biologicznej. Organizmy żywe absorbują i zużywają do swoich procesów życiowych rozpuszczone w ściekach związki organiczne w wyniku czego następuje przyrost ich masy.
Dominują tu bakterie tlenowe, zużywające tlen z powietrza przepływającego przez wypełnienie złoża. Doprowadzenie powietrza - zależnie od rozwiązania technicznego - może być naturalne, wywołane naturalnym ciągiem, lub wspomagane wentylatorami.
W złożach budowanych obecnie mamy do czynienia z wypełnieniem z tworzyw sztucznych, które charakteryzuje się bardziej rozbudowaną powierzchnią właściwą dostępną dla rozwoju błony biologicznej niż wypełnienia naturalne. Większa porowatość tego typu złoża ułatwia odrywanie się - spłukiwanie nadmiaru błony i cyrkulację powietrza.
Tutaj znajduje się schemat technologiczny przykładowej oczyszczalni ścieków typu BIOCLERE opartej na złożach zraszanych